|
Conference publicationsAbstractsXV conferenceMolecular dynamics of the 5-HT3 receptorDept. of Bioengineering, Faculty of Biology, 1/12 Leninskie Gory, Moscow 119992, Russia 1 pp.5-HT3 рецептор - представитель суперсемейства лиганд-зависимых ионные каналов, ионотропных рецепторов [1]. 5-HT3 рецептор состоит из пяти трансмембранных доменов вокруг центральной проводящей поры, проницаемой для ионов натрия, калия и кальция. Домены расположены псевдо симметрично вокруг пропускающей поры. Данные субъединицы кодируются HTR3A, HTR3B, HTR3C, HTR3D и HTR3E генами. Функционирующие каналы могут содержать пять идентичных 5-HT3A субъединиц (гомоопентамеры) или представлять совокупность из 5-HT3A и одну из четырех 5-HT3B, 5-HT3C, 5-HT3D, или 5-HT3E субъединиц (гетероопентамеры). Трёхмерная структура канала до настоящего момента не открыта. В работе для предсказания структуры 5-HT3 рецептора использовался метод моделирования по гомологии. Был произведен поиск шаблона для каждой субъединицы 5-HT3 рецептора в отдельности. Трёхмерная структура надмембранной части субъединицы белка бела получена на основании известной структуры ацетилхолин-связывающего белка (AChBP, Acetylcholine Binding Protein). В работе для изучения конформационной подвижности системы применялся метод управляемой молекулярной динамики со стандартными параметрами протокола [2,3] и метод динамического докинга лигандов. Была изучена конформационная подвижность надмембранной части рецептора. Рассмотрены системы рецептора с некоторыми лигандами. Получены энергетические и вероятностные характеристики систем. |
