# размеры и положение моделируемого объема (форма - параллелепипед)
Scene
{
	# координаты границ области (нанометры)
	xmin = -40
	xmax =  40
	ymin = -40
	ymax =  40
	zmin = -40
	zmax =  40
}

# параметры белков
Species
{
	Plastocyanin_OX
	{
		# число молекул
		N = 20
		
		# PDB-файл
		pdb = "2pcf.pdb"
		pdb_model = 9
		pdb_chainID = "A"
			
		# стандартные заряды генерируются автоматически программой
		auto_charge = 1
		# файл зарядов гетероатомов
		charges = "pc_charges.txt"
	
		# файл со всеми зарядами (пишется, НЕ читается)
		charges_out = "pc_charges_out.txt"
			
		# использовать автоматические имена для файлов
		pot_bin = "*"
		epsilon = "*"
		ellipsoid = "*"
		
		# подвижен или закреплен (1 - подвижный, 0 - закрепленный)
		move = 1
		
		cells = "pc.cells"
		surface = "pc.surface"
		msms = "pc.msms"
		msms_grid = 10
		msms_de = 3
		msms_r = 5
		trajectory = "pc.move"
		colors {
			color0 = [0.00, 0.44, 1.00, 1.0] # normal
			color1 = [0.00, 1.00, 0.80, 1.0] # first encounter
			color2 = [0.00, 0.00, 1.00, 1.0] # docked
			color3 = [0.00, 1.00, 1.00, 1.0] # docked at first encounter
		}
		pot_m = 0.25
	}
	Cytochrome_RED
	{
		# число молекул
		N = 20

		# PDB-файл
		pdb = "2pcf.pdb"
		pdb_model = 9
		pdb_chainID = "B"
			
		# стандартные заряды генерируются автоматически программой
		auto_charge = 1
		# файл зарядов гетероатомов
		charges = "cyt_charges_e.txt"
	
		# файл со всеми зарядами (пишется, НЕ читается)
		charges_out = "cyt_charges_e_out.txt"
	
		# использовать автоматические имена для файлов
		pot_bin = "*"
		epsilon = "*"
		ellipsoid = "*"
		
		# подвижен или закреплен (1 - подвижный, 0 - закрепленный)
		move = 1
		
		cells = "cyt.cells"
		surface = "cyt.surface"
		msms = "cyt.msms"
		msms_grid = 10
		msms_de = 3
		msms_r = 5
		trajectory = "cyt.move"
		colors {
			color0 = [0.90, 0.50, 0.60, 1.0] # normal
			color1 = [0.80, 1.00, 0.00, 1.0] # first encounter
			color2 = [1.00, 0.00, 0.00, 1.0] # docked
			color3 = [1.00, 1.00, 0.00, 1.0] # docked at first encounter
		}
		pot_m = 0.25
	}
}
Reactions
{
	Plastocyanin_OX_Cytochrome_RED	{
		reactants {
			species1 = "Plastocyanin_OX"
			species2 = "Cytochrome_RED"
		}
		savefile = "pc_cyt_log.%d.txt"
		p = 1
		points {
			
			# 591  OD2 ASP A  42 - 4712 HH22 ARG B 209
			point1 = [18	97.225  93.468 -22.340	94.559  96.454 -21.369]
			
			# 607  HB2 GLU A  43 - 4364  HE2 LYS B 187
			point2 = [18	96.505  98.488 -26.615	97.032  99.668 -26.273]
			
			# 618  OD2 ASP A  44 - 4329  HZ1 LYS B 185
			point3 = [18	101.911  96.236 -22.927	103.737  97.421 -20.121]
			
			# 842  HA  GLU A  60 - 2347  HZ2 LYS B  58
			point4 = [25	78.927  95.958 -17.346	80.532  98.045 -13.883]
			
			# 5316 CU    CU A 100 - 5317 FE   HEC B 251
			point5 = [40	89.514  81.424 -17.034	89.204  81.704  -6.167]
		
		}
		stop = 2
	}
}

# физические параметры системы
Physics
{
	# ионная сила, моль/м3 (мМоль/л)
	I = $ENV{par_I,100}

	# расстояние от доступной воде ячейки до ближайшего атома, А
	solvent_r = 3

	# радиус экранировки, A
	A = 35

	# диэлектрическая проницаемость среды
	Eps = 80

	# температура, К
	T = 300

	# вязкость
	v = 0.001004

	pH = 7.0
}

# параметры расчета
Calculation
{
	# число прогонов
	EXP_NUM = 1

	# шаг по времени, пс
	TimeStep = 100

	# число шагов
	#NT = 2000

	# учитывать поступательную компоненту электростатической силы (1 - да, 0 - нет)
	EF_Trans = 1

	# учитывать вращательную компоненту электростатической силы (1 - да, 0 - нет)
	EF_Rotate = 1

	# минимальный (по модулю) заряд, учитываемый в электростатических расчётах
	min_charge = 0.001
	round_charge = 1
	
	# шаг сетки для расчета потенциала, А
	h = 2
	
	# число итераций при решении уравнения Пуассона-Больцмана
	N = 1000

	# считать кинетику (1 - да, 0 - нет)
	calc_kin = 1

	# запись количества образованных комплексов в файл, каждые ... шагов
	save_interval = 10000

	# запись координат молекул для визуализации, каждые ... шагов
	trajectory_save_interval = 100

	# использовать одну и ту же последовательность псевдослучайных чисел (1 - да, 0 - нет)
	no_random = 1
	

}

Visualisation {
	surface = "protein surface"
	cells = "model cells"
}

Files {
	in_folder = "./in/"
	out_folder = "./out/"
	vis_folder = "./vis/"
	runtime_folder = "./runtime/"
	bin_folder = "./bin/"
	trajectory = "trajectoriy.p"
}