|
Conference publicationsAbstractsXIX conferenceDynamical characteristics of DNA kinks142290, Russia, Moscow region, Puschino, Institutskaya str. 3, Institute of cell biophysics RAS 1 pp. (accepted)Известно, что внутренняя подвижность ДНК играет важную роль в функционировании этой молекулы. Одним из проявлений такой подвижности являются колебания оснований вокруг сахаро-фосфатных цепочек. Для моделирования этих колебаний многие исследователи используют механические аналоги ДНК, в том числе механическую модель Скотта [1]. В рамках этой модели колебания оснований можно описать с помощью уравнения синус-Гордона. Одним из решений этого уравнения является уединенная волна - кинк., которую интерпретируют как математический образ открытого состояния ДНК [2]. В работе выполнены аналитические расчеты динамических характеристик кинка в параметрах ДНК: его размера, массы покоя, энергии покоя и полной энергии. Получена более точная формула для плотности энергии кинка по сравнению с результатами работы [3]. Построены графики профиля кинка и плотности энергии кинка в 2-D и 3-D формате. Все расчеты выполнены для четырех видов однородных полинуклеотидных цепочек, содержащих только аденины, тимины, гуанины или цитозины соответственно.
Литература 1. Scott A. C., Nonlinear Klein-Gordon equation // Am. J. Phys., v. 37, No 1, 1969, p. 52-61. 2. Englander S. W., Kallenbach N. R., Heeger A. J. Krumhansl J.A., Litwin S., Nature of the open state in long polynucleotide double helices: possibility of soliton excitations // Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v.77, No 12, 1980, p. 7222-7226. 3. Шаповалов А.В., Краснобаева Л.А. Солитоны уравнения синус-Гордона. - Томский государственный университет, 2009. – 192 стр.
|
