Русский
!

Conference publications

Abstracts

XIX conference

Massive parallel sequencing of blood plasma RNA from healthy donors and patients with non-small-cell lung cancer

Baryakin D.N., Semenov D.V., Brenner E.V., Kuril`schikov A.M., Kozlov V.V.1, Narov Y.E.1, Vasil`ev G.V.2, Chikova E.D., Filippova Y.A., Bryzgalov L.A.2, Kuligina E.V., Richter V.A.

ICBFM SB RAS; Russia, 630090, Novosibirsk, Lavrentiev Ave.8, Tel.: 7 (383)-363-5150, Fax:7(383)-363-5153, E-mail: niboch@niboch.nsc.ru

1NROD; Russia, 630108, Novosibirsk, Plahotnogo 2, Tel.: (383)-343-39-06; E-mail: onkolog1@mail.ru

2ICG SB RAS; Russia, 630090, Novosibirsk, Lavrentiev Ave.10, Tel: +7(383) 363-49-80, Fax: +7(383) 333-12-78, Email: icg-adm@bionet.nsc.ru

1 pp. (accepted)

Известно, что в плазме крови человека присутствует обширный набор форм малых регуляторных РНК. В данной работе проведен анализ многообразия форм РНК плазмы крови 8-ми здоровых доноров и 4-х пациентов с немелкоклеточным раком легкого методом массового параллельного секвенирования на платформе SOLiD™.

Для получения кДНК-библиотек, кодирующих максимально полный набор форм циркулирующих РНК, короткие (n>19) РНК плазмы крови подвергали дефосфорилированию с последующим 5'-фосфорилированием, лигированию с адаптерами, обратной транскрипции и амплификации. Индивидуальные кДНК-библиотеки секвенировали на платформе SOLiD™ (V.3). Полученные массивы данных, содержащие от 31 до 85 млн. последовательностей на каждую кДНК-библиотеку, анализировали с помощью программного обеспечения ABI BioScope™, и, независимо, программами Bowtie/Cufflinks.

Было обнаружено, что в составе РНК плазмы крови человека присутствуют фрагменты рРНК, тРНК, мРНК, транскриптов митохондрий, зрелые миРНК, мцРНК, мяРНК, мяоРНК, а также фрагменты не аннотированных ранее транскриптов.

Детальный анализ массивов последовательностей позволил оценить вклад апоптотических телец, экзосом и микровезикул, свободных рибонуклеопротеидов, а также вклад различных клеток, органов и тканей в формирование набора циркулирующих РНК крови человека. Сравнительный анализ РНК плазмы здоровых доноров и пациентов с немелкоклеточным раком легкого позволил охарактеризовать изменения набора внеклеточных РНК человека при возникновении и развитии злокачественных опухолей.

Работа поддержана Российским фондом фундаментальных исследований (гранты № 10-04-01386-а и 10-04-01442-а), грантом Президиума СО РАН № 18 (2009 - 2011 гг.).



© 2004 Designed by Lyceum of Informational Technologies №1533