|
Conference publicationsAbstractsXXII conferenceStorage for results of computational experiments on the charge transfer in the quasi-one-dimensional macromoleculesInstitute of Mathematical Problems of Biology, Russian Academy of Sciences, 4, Institutskaya street, 142290, Pushchino, Moscow region, Russia. 1Southern Federal University, department of Physics. 5, Rikhard Zorge street, 344090, Rostov-on-Don, Russia В настоящее время внимание исследователей привлекает возможность применения биологических макромолекул, в первую очередь ДНК, в нанобиоэлектронике, например, при разработке электронных биочипов и использовании ДНК в качестве молекулярных проволок. Поэтому большой интерес представляет изучение проводящих свойств молекулярных цепочек. В ИМПБ РАН в течение ряда лет ведутся работы по моделированию переноса заряда в квазиодномерных макромолекулах. Изучаются различные варианты взаимодействий сайтов классической цепочки. Моделирование миграции заряда вдоль цепочки (например, фрагмента ДНК с известной последовательностью) при заданной температуре термостата – процесс, требующий значительных вычислительных мощностей и большого дискового пространства. Необходим удобный инструмент для дальнейшей работы с накопленными данными. По этой причине разработан прототип системы классификации и визуализации результатов моделирования. Серверная часть системы состоит из хранилища файлов и базы данных (MySQL). В БД внесены ключевые параметры (коэффициенты, для которых проводился вычислительный эксперимент, рассчитанная подвижность заряда, полная энергия системы, характеристика механизма распространения (полярон или делокализованное состояние) и т.д.). По совокупности параметров можно выбрать соответствующую группу расчетов, отсортировать по другим признакам и т.п. Клиентская часть представляет собой web-интерфейс к базе, который позволяет, используя любой современный браузер, выполнять сортировку, выбор и визуализацию результатов моделирования. Созданная база данных может использоваться для поиска параметров проводников с характеристиками, наиболее близкими к заданным. В дальнейшем результаты могут быть применены для решения обратной задачи – идентификации фрагмента ДНК по времени прохождения заряда. Работа выполнена при финансовой поддержке РФФИ, грант 14-07-00894.
|
