Conference publications

Abstracts

XXV conference

Handling complex rule-based models of mitogenic cell signaling (on the example of ERK activation upon EGF stimulation)

Kuzmina N.B., Borisov N.M.¹

Moscow State Automobile and Road Technical University (MADI), Russia, 125319, Moscow, Leningradsky Prospect, 64; +7 (499) 346-01-68

¹SRC "Kurchatov Institute"; Russia, 123182, Moscow, Academician Kurchatov Square, 1; +7 (499) 196-95-39

1 pp. (accepted)

Комплекс молекулярных механизмов, который определяет малигнизацию клетки, систематически исследовался более десяти лет [1]. Много ценной информации о деталях белок-белковых взаимодействий может быть получено с помощью in silico химическо-кинетического анализа передачи сигнала [2]. Такой подход означает, что исследователь строит кинетическую модель белок-белковых взаимодействий, выполняет интеграцию ОДУ для концентраций различных химических соединений, подбирает значения неизвестных кинетических констант, чтобы добиться соответствия с экспериментальными данными активации кинетики и, наконец, делает предсказания различных деталей и условий распространения сигнала.

Мы разработали чрезвычайно разветвленную модель активации митогенетических (Ras / ERK) и антиапоптозных (АКТ) путей при стимуляции EGF (ЭФР). Настоящая модель была разработана "вручную": все соединения и реакции в сети задавались разработчиком модели.

Чтобы определить различие между двумя способами связывания GAB1-Grb2, мы создали два варианта сигнальной модели, которые условно назвали А и Б. Единственное различие между белок-белковыми взаимодействиями в модели А и Б является сайт/домен связывания Grb2-GAB1.

Для нашей работы мы использовали программное обеспечение BioNetGen 2 [3], которое генерировало более 2000 химических веществ и 12000 реакций для модели А и более 650 химических веществ и 5500 реакций для модели Б, что делает нашу модель одной из крупнейших на сегодняшний день в системной биологии митогенеза.

Наши расчеты показывают, что только модель Б была способна воспроизвести экспериментально проверенные прогнозы о влиянии обеднения GAB1 на ответ ERK при стимуляции EGF.

• view as PDF (in Russian) (PDF)