|
Conference publicationsAbstractsXXVII conferenceМолекулярное моделирование динамики фоторегулируемой аденилатциклазыМосковский государственный университет имени М.В. Ломоносова, Химический факультет, кафедра физической химии, Россия, 119991, г. Москва, Ленинские горы, д. 1, стр. 3, Тел.: (495)939-48-40, E-mail: kulakova@lcc.chem.msu.ru 1ФИЦ Биотехнологии РАН, Россия, 119071, Москва, Ленинский проспект, д. 33, стр. 2 2ИБХФ РАН им. Н.М. Эмануэля, Россия, 119334, Москва, ул. Косыгина, д. 4 Одним из способов регуляции процессов в живых системах является облучение светом. При освещении фоторецепторных доменов белков происходят конформационные изменения, влияющие на другие домены. В частности, флавин-содержащие белки (BLUF – blue light using flavin), чувствительные к синему свету, образуют комплексы с каталитическими доменами и регулируют их активность. Изменение каталитической активности может быть незначительным (в 4 раза), как в случае EAL домена, отвечающего за гидролиз циклического димера гуанозинмонофосфата, или быть достаточно заметным, как в случае аденилатциклазы (AC), для которой наблюдается увеличение скорости реакции приблизительно на два порядка. В данной работе с помощью метода классической молекулярной динамики с последующим динамическим сетевым анализом и кластеризацией состояний проведено изучение механизма передачи сигнала от фоторецепторного BLUF домена к каталитическому домену AC белка bPAC. Молекулярно-динамические расчёты выполнены в программном пакете NAMD с использованием силового поля CHARMM36 для белковой макромолекулы, CGenFF для аденозинтрифосфата и флавинмононуклеотида и TIP3P для молекул воды. Общая длина молекулярно-динамических траекторий составила более 3 мкс. Динамический сетевой анализ проводился в программном пакете carma. По результатам расчетов показана неэквивалентность мономеров в димерном белке bPAC в различные его состояниях. Наибольшее различие между мономерами проявляется в апо-форме белка. Работа выполнена с использованием оборудования Центра коллективного пользования сверхвысокопроизводительными вычислительными ресурсами МГУ имени М.В. Ломоносова при финансовой поддержке РНФ (проект № 19-73-20032).
|
