Conference publications

Abstracts

Molecular Modeling

Contents : Authors

• Kosarim N.A., Shaytan A.K. Effect of A40S point mutation in histone H2A on nucleosome stability and dynamics: a molecular dynamics study (2026) 1 pp. (accepted)
• Шайтан А.К. Биофизика хроматина: современные представления о физических принципах работы генома (2025) (accepted)
• Мамаева Н.Ю., Фескин П.Г., Разинкова А.И., Шайтан А.К. Использование флуоресцентного анализа для оценки работы CRISPR/dCas9-систем: от in vitro экспериментов в бесклеточных системах до исследований в бактериальных и эукариотических клетках (2025) 1 pp. (accepted)
• Fedulova A.S., Motorin N.A., Sharyafetdinova A.S., Armeev G.A., Shaytan A.K. Modelling the dynamics of internally disordered histone tails within nucleosomes (2025) 1 pp. (accepted)
• Олейников П.Д., Федулова Ф.С., Армеев Г.А., Моторин Н.А., Сингх-Пальчевская Л.Р., Сивкина А.Л., Фескин П.Г., Глухов Г.С., Афонин Д.А., Комарова Г.А., Кирпичников М.П., Студитский В.М., Феофанов А.В., Шайтан А.К. Комплексное изучение взаимодействия пептидов с высокой аффинностью к «кислотному лоскуту» димера гистонов H2A-H2B и нуклеосом экспериментальными и вычислительными методами (2024) 1 pp. (accepted)
• Avakiants A.V., Fedulova A.S., Yagolovich A.V., Shaytan A.K. Molecular dynamics simulation of engineered protein SRH-DR5-B-iRGD (2024) 1 pp. (accepted)
• Fedulova A.S., Armeev G.A., Shaytan A.K. Molecular dynamics simulations of nucleosomes upon binding by LANA and CENP-C peptides (2024) 1 pp. (accepted)
• Gribkova A.K., Shaytan A.K. Identification of viral proteins that mimic human histones using artificial intelligence methods (2024) 1 pp. (accepted)
• Kosarim N.A., Fedulova A.S., Shariafetdinova A.S., Armeev G.A., Shaytan A.K. Molecular dynamics simulations of the nucleosome containing histone variant H2A.J (2024) 1 pp. (accepted)
• Mamaeva N.Y., Kristovskiy N.V., Shaytan A.K. Analysis and design of DNA/RNA-protein interactions on the example of CRISPR/dCas systems (2024) 1 pp. (accepted)
• Motorin N.A., Sharyafetdinova A.S., Fedulova A.S., Shaytan‬ A.K. Study of the dynamics of histone tails in the nucleosome and their participation in the unwrapping of nucleosomal DNA using simulations with different water models (2024) 1 pp. (accepted)
• Kniazeva A.S., Armeev G.A., Shaytan A.K. Study of H2A-H2B histone dimer plasticity using MD simulations (2023) 1 pp. (accepted)
• Gribkova A.K., Shaytan A.K. Building a classifier to identify proteins that separate liquid phases using machine learning methods (2022) 1 pp. (accepted)
• Kniazeva A.S., Armeev G.A., Shaytan A.K. Исследование скольжения ДНК в нуклеосоме методом молекулярного моделирования (2022) 1 pp. (accepted)
• Армеев Г.А., Новиков Р.В., Шайтан А.К. Использование пары флуоресцентно-меченных CRISPR/Cas для детекции целевого участка ДНК, исследование методами молекулярного моделирования (2021) 1 pp. (accepted)
• Novikov R.V., Armeev G.A., Shaytan A.K. Computer simulation of an experiment to study the interaction between the Cas9-sgRNA complex with DNA via fluorescence microscopy (2021) 1 pp. (accepted)
• Shaytan A.K. Modeling and design of protein-nucleic acids complexes (2021) 1 pp. (accepted)
• Князева А.С., Армеев Г.А., Шайтан А.К. Dynamic features of nucleosomes with canonical histone H2A and its variant H2A.Z (2020) 1 pp. (accepted)
• Князева А.С., Армеев Г.А., Шайтан А.К., Шайтан К.В. Оценка изменения свободной энергии депротонирования аминокислот, участвующих в переносе протона, в ходе фотоцикла бактериородопсина (2019) 1 pp. (accepted)
• Армеев Г.А., Шайтан К.В., Шайтан А.К. Создание молекулярных моделей нуклеосом и их комплексов по разнородным экспериментальным данным (2019) 1 pp. (accepted)
• Andreeva E.A., Armeev G.A., Shaytan A.K. GROMACS force field parameters and molecule topology editing (2019) 1 pp. (accepted)
• Pospelova I., Armeev G.A., Shaytan A.K. Molecular modeling of H3-H4 histone dimers and analysis of their plasticity (2019) 1 pp. (accepted)

Search