Conference publications

Abstracts

Molecular Modeling

Contents : Authors

• Холина Е.Г., Федоров В.А., Гудимчук Н.Б., Коваленко И.Б. Анализ конформационной подвижности белков FtsA, SepF (2026) 1 pp. (accepted)
• Vasyuchenko E.P., Kholina E.G., Gudimchuk N.B., Kovalenko I.B. Comparative analysis of molecular docking methods for modeling the interaction of the FtsZ protein peptide with the SepF and FtsA proteins (2026) 1 pp. (accepted)
• Volkhin I.A., Fedorov V.A., Gudimchuk N.B., Kovalenko I.B. Mechanical properties and conformational mobility of protein filaments of TubA/B2 and FtsZ in archaea and bacteria: study using molecular dynamics (2026) 1 pp. (accepted)
• Холина Е.Г., Коваленко И.Б., Страховская М.Г. Изучение процесса транслокации биоцидов через наружные мембраны грамотрицательных бактерий (2025) 1 pp. (accepted)
• Коваленко И.Б. Молекулярное моделирование в биологии и медицине (2025) (accepted)
• Коваленко И.Б., Орехов Ф.С., Боздаганян М.Е., Холина Е.Г., Федоров В.А., Гудимчук Н.Б. Компьютерное моделирование тубулинов микротрубочек (2025) 1 pp. (accepted)
• Volkhin I.A., Fedorov V.A., Khruschev S.S., Kovalenko I.B. The investigation of interaction between plastocyanin and photosystem I in pea using molecular modeling (2025) 1 pp. (accepted)
• Васюченко Е.П., Коваленко И.Б., Холина Е.Г., Федоров В.А., Хрущев С.С., Страховская М.Г. Моделирование Броуновской динамики взаимодействия фотосенсибилизаторов с оболочкой коронавируса SARS-CoV-2 (2024) 1 pp. (accepted)
• Вольхин И.А., Федоров В.А., Хрущев С.С., Коваленко И.Б. Моделирование взаимодействия фотосистемы I с пластоцианином и цитохромом c6 методом броуновской динамики (2024) 1 pp. (accepted)
• Шубина А.И., Холина Е.Г., Федоров В.А., Коваленко И.Б. Исследование влияния веществ, регулирующих динамику микротрубочек, на конформационную подвижность протофиламентов тубулина (2024) 1 pp. (accepted)
• Федоров В.А., Холина Е.Г., Гудимчук Н.Б., Коваленко И.Б. Исследование влияния таксола на конформационную подвижность белка тубулина методами молекулярной динамики (2023) 1 pp. (accepted)
• Федоров В.А., Хрущев С.С., Коваленко И.Б. Роль гидрофобных взаимодействий в процессе формирования комплекса белков пластоцианина и цитохрома с6 с цитохромом f в цианобактериях и зеленых водорослях (2023) 1 pp. (accepted)
• Холина Е.Г., Федоров В.А., Хрущев С.С., Коваленко И.Б., Страховская М.Г., Рубин А.Б. Идентификация сайтов связывания катионных фотосенсибилизаторов на вирусной оболочке методом броуновской динамики (2023) 1 pp. (accepted)
• Федоров В.А., Хрущев С.С., Коваленко И.Б., Ризниченко Г.Ю., Рубин А.Б. Изучение механизмов взаимодействия белков пластоцианина и цитохрома с6 с цитохромом f в цианобактериях и зеленых водорослях (2022) 1 pp. (accepted)
• Холина Е.Г., Орехов Ф.С., Коваленко И.Б., Боздаганян М.Е., Страховская М.Г. Изучение взаимодействия катионных антисептиков с шероховатой липополисахаридной мембраной Pseudomonas aeruginosa (2022) 1 pp. (accepted)
• Хрущев С.С., Федоров В.А., Коваленко И.Б. Молекулярная модель фотосистемы 1 высших растений (2021) 1 pp. (accepted)
• Васюченко Е.П., Федоров В.А., Абатурова А.М., Коваленко И.Б. Исследование конформационных перестроек гема цитохрома с и с1 в процессе образования комплекса методами молекулярного моделирования (2021) 1 pp. (accepted)
• Абатурова А.М., Браже Н.А., Ризниченко Г.Ю., Коваленко И.Б. Роль расстояния между мембранами кристы митохондрии в движении цитохрома С к сайту связывания у III дыхательного комплекса (2021) 1 pp. (accepted)
• Федоров В.А., Хрущев С.С., Коваленко И.Б., Ризниченко Г.Ю. Молекулярное моделирование образование комплексов белков цитохрома c6 c цитохромом f из цианобактерий Nostoc, Phormidium laminosum и зеленой водоросли Chlamydomonas (2021) 1 pp. (accepted)
• Лопанская Ю.Н., Холина Е.Г., Федоров В.А., Коваленко И.Б., Гудимчук Н.Б. молекулярно-динамическая модель взаимодействия комплекса NDC80 с микротрубочкой (2020) 1 pp. (accepted)
• Холина Е.Г., Орехов Ф.С., Коваленко И.Б., Боздаганян М.Е., Страховская М.Г. Взаимодействие катионных антисептиков с плазматической бактериальной мембраной (2020) 1 pp. (accepted)
• Коваленко И.Б., Орехов Ф.С., Жмуров А.А., Федоров В.А., Холина Е.Г., Гудимчук Н.Б. Построение молекулярно-динамической модели взаимодействия комплекса Ndc80 с микротрубочкой (2020) 1 pp. (accepted)
• Abaturova A.M., Brazhe N.A., Kovalenko I.B., Riznichenko G.Yu, Rubin A.B. Brownian dynamics Simulation of cytochrome c and III respiratory complex formation (2020) 1 pp. (accepted)
• Холина Е.Г., Орехов Ф.С., Коваленко И.Б., Боздаганян М.Е., Страховская М.Г. Создание крупно-зернистых липополисахаридных мембран P. aeruginosa с различными антигенными цепями (2019) 1 pp. (accepted)
• Абатурова А.М., Коваленко И.Б., Федоров В.А., Рубин А.Б. Brownian dynamics simulation of complex formation of animal and yeast proteins cytochrome c with cytochrome c1 (2019) 1 pp. (accepted)
• Федоров В.А., Хрущев С.С., Устинин Д.М., Коваленко И.Б., Ризниченко Г.Ю., Рубин А.Б. Образование электрон-транспортного белок-белкового комплекса пластоцианина и цитохрома f высших растений, зеленой водоросли и цианобактерий (2019) 1 pp. (accepted)
• Лопанская Ю.Н., Холина Е.Г., Федоров В.А., Коваленко И.Б., Гудимчук Н.Б. анализ взаимодействия кинетохорного комплекса NDC80 и микротрубочки методом молекулярно-динамических расчетов (2019) 1 pp. (accepted)
• Васюченко Е.П., Федоров В.А., Абатурова А.М., Устинин Д.М., Коваленко И.Б. Молекулярное моделирование цитохромного bc1 комплекса с цитохромом с (2019) 1 pp. (accepted)
• Diakonova A.N., Fyodorov V.A., Khruschev S.S., Kovalenko I.B., Riznichenko G.Yu. Modeling of interactions between ferredoxin and ferredoxin-NADP-reductase from different phosynthetic organisms (2019) 1 pp. (accepted)
• Kovalenko I.B., Orekhov P.S., Zhmurov A.A., Fedorov V.A., Kholina E.G., Gudimchuk N.B. A coarse-grained model of tubulin protein based on molecular dynamics trajectories (2019) 1 pp. (accepted)
• Холина Е.Г., Коваленко И.Б., Орехов Ф.С., Боздаганян М.Е., Страховская М.Г. Cоздание крупно-зернистой модели одиночной молекулы липополисахарида P.aeruginosa (2018) 1 pp. (accepted)
• Древаль В.Д., Федоров В.А., Холина Е.Г., Коваленко И.Б., Гудимчук Н.Б. Исследование процессов сборки и разборки микротрубочки комбинированным методом броуновской и молекулярной динамики (2018) 1 pp. (accepted)
• Abaturova A.M., Fedorov V.A., Kovalenko I.B. Significance of local surface electrostatic charges of proteins in Brownian dynamics model of Fd-FNR formation of encounter complexes (2018) 1 pp. (accepted)
• Fedorov V.A., Khruschev S.S., Kovalenko I.B. Electron-transfer protein-protein cytochrome f and plastocyanin complex formation in higer plants and cyanobacteria (2018) 1 pp. (accepted)
• Fedorov V.A., Khruschev S.S., Kovalenko I.B., Riznichenko G.Yu., Rubin A.B. Electron-transfer protein-protein complex formation ferredoxin from Chlamydomonas Reinhardtii with Ferredoxin-NADP+ reductase from Zеa mаys and hydrogenase from Chlamydomonas reinhardtii (2018) 1 pp. (accepted)
• Федоров В.А., Хрущев С.С., Коваленко И.Б. Роль электростатических взаимодействий в формировани электрон-транспортного комплекса белков пластоцианина и цитохрома f цианобактерии P. laminosum (2017) 1 pp. (accepted)
• Гудимчук Н.Б., Орлова М.В., Федоров В.А., Коваленко И.Б. Исследование конформации ГТФ-тубулина и ее роли для полимеризации микротрубочки (2017) 1 pp. (accepted)
• Коваленко И.Б., Хренова М.Г. Современные методы молекулярного моделирования (2017) (accepted)
• Холина Е.Г., Коваленко И.Б., Орехов Ф.С., Боздаганян М.Е., Страховская М.Г. Создание крупно-зернистой модели наружной мембраны клеточной стенки P.aeruginosa (2017) 1 pp. (accepted)
• Холина Е.Г., Нестеренко А.М., Зленко Д.В., Коваленко И.Б. Построение модели внешней мембраны клеточной стенки мутантной формы грам-отрицательной бактерии Salmonella (2016) 1 pp. (accepted)
• Федоров В.А., Хрущев С.С., Коваленко И.Б. Идентификация взаимного расположения пары белков пластоцианина и цитохрома f, соответствующего состоянию функционально активного комплекса (2016) 1 pp. (accepted)
• Galochkina T., Zlenko D., Kovalenko I., Nesterenko A. Model of the bacterial lipopolysaccharide O-antigen conformational dynamics (2016) 1 pp. (accepted)
• Kovalenko I.B., Fedorov V.A., Khruschev S.S. Electrostatic interactions of electron transfer proteins in the process of their diffusional encounter (2016) 1 pp. (accepted)

Search