Conference publications

Abstracts

XVII conference

Analysis of hydrophobic organisation of beta2-adrenergic receptor binding site

Novoseletsky V.N., Pyrkov T.V.¹, Efremov R.G.

M.M. Shemyakin & Yu.A. Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry, Russian Academy of Sciences, Ul. Miklukho-Maklaya, 16/10, 117997 GSP, Moscow V-437, Russia. valeryns@mail.ru

¹Moscow Institute of Physics and Technology (State University). Institutskii per, 9, 141700, Dolgoprudny, Moscow region, Russia.

1 pp. (accepted)

Рецепторы, сопряженные с G-белками, (GPCR), участвуют в регуляции многочисленных биологических функций и, таким образом, представляют собой мишени для терапии разнообразных заболеваний. Широко используются в клинической практике бета-блокаторы – антагонисты бета-адренэргического рецептора. Ранее было показано, что связывание этих антагонистов сопровождается их гидрофобным взаимодействием с рецептором. Для построения численных моделей этого явления мы использовали веб-сервер PLATINUM (http://model.nmr.ru/platinum), созданный в нашей лаборатории. Данный сервер является удобным инструментом для оценки и визуализации гидрофобного и гидрофильного соответствия на поверхности контакта взаимодействующих молекул. В основу этих оценок положена концепция Молекулярного Гидрофобного Потенциала (МГП), которая использует эмпирические атомные константы гидрофобности, полученные из коэффициентов разделения органических соединений в среде октанол-вода.

В настоящей работе мы представляем теоретический подход к изучению гидрофобных взаимодействий между бета2-адренэргическим рецептором и набором его антагонистов с экспериментально определенными константами связывания. Недавно расшифрованная пространственная структура этого рецептора была использована в качестве мишени при выполнении молекулярного докинга молекул антагонистов. Хорошая корреляция (R2 = 0.8) была обнаружена между pKd лигандов и соответствием гидрофобных свойств лиганда и рецептора. Таким образом, разработанный метод оценки гидрофобного соответствия может быть использован в дальнейшем для создания новых высокоаффинных ингибиторов бета2-адренэргического рецептора.

Работа выполнена при финансовой поддержке РФФИ (гранты № 07-04-01514-a, 09-04-13813-офи_ц), программ РАН «Молекулярная и клеточная биология» и «Основы фундаментальных исследований нанотехнологий и наноматериалов» и Федерального агенства по науке и инновациям в поддержку ведущих научных школ (грант НШ-4728.2006.4).

• view as PDF