|
Conference publicationsAbstractsXVIII conferenceComparative analysis of abundance of W-tracts and S-tracts in the genomes of temperately GC-rich microorganismsInstitute of Cell Biophysics RAS, Institutskaya street 3, Pushchino, Moscow region, 142290, Russia 1Institute of Theoretical and Experimental Biophysics RAS, Institutskaya street 3, Pushchino, Moscow region, 142290, Russia Смешанные нуклеотидные последовательности, содержащие dA и dT (W-треки), dG и dC (S-треки) широко распространены среди прокариот и эукариот. Существующие данные свидетельствуют о вариабельности частот их встречаемости в геномах микроорганизмов из разных таксономических групп. Ранее нами было продемонстрировано, что мононуклеотидные poly(dA)n- и poly(dT)n-треки преобладают над poly(dG)n- и poly(dC)n-треками в геномах прокариот. Данная тенденция наблюдается более чем в 70% случаев, причём не только для AT-богатых микроорганизмов, но даже для бактерий с GC-сставом более 50%. В данной работе проведено исследование распространения W-треков и S-треков в геномах умеренно GC-богатых прокариот, содержащих от 50% до 60% процентов GC-пар. Нуклеотидные последовательности и аннотации полностью секвенированных геномов были взяты из банка данных NCBI GenBank (ftp:// ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Bacteria/). Учитывали треки длиной от 5 нуклеотидов и выше. Также были изучены особенности распределения W-треков и S-треков внутри генов и межгенных областей. Для разбиения исходной последовательности геномной ДНК на кодирующие и некодирующие участки использовали компьютерную программу DNA Tool. Оказалось, что в межгенных участках количество W-треков часто превышает число S-треков, но при этом внутри генов наблюдается зависимость встречаемости треков от GC-состава. Характер распространения смешанных треков в геномах умеренно GC-богатых микроорганизмов (без учёта генов и некодирующих областей) демонстрирует более сильную зависимость от GC-состава по сравнению с встречаемостью мононуклеотидных poly(dA)n- и poly(dT)n-треков. Обсуждаются возможные причины доминирования W-треков над S-треками в некодирующих участках геномов. |
