|
ДокладыВременная зависимость полной энергии кинка в генах, содержащих кодирующие участкиИнститут биофизики клетки РАН, Россия 1ФГБОУ ВО Сибирский государственный медицинский университет 2ГБОУ ВПО Национальный исследовательский Томский государственный Кодирующие участки (CDS) являются неотъемлемой частью структуры последовательности гена и играют важнейшую роль в процессе транскрипции. Среди задач, связанных с исследованием свойств CDS участков, особого внимания заслуживает задача о прохождении через CDS участок транскрипционных пузырьков (bubbles), называемых также кинками ДНК. В настоящей работе мы строим временную зависимость полной энергии таких кинков в гене, кодирующем интерферон альфа 17, последовательность которого содержит одну кодирующую область (50..619) и две области (1..49 и 620..980), функциональная значимость которых неизвестна. Для моделирования динамики угловых колебаний оснований мы использовали два основных метода: квази-однородное приближение [1], в рамках которого параметры математической модели усреднялись по всей длине последовательности гена, и блочный метод, в котором параметры математической модели усреднялись отдельно по каждому из трех упомянутых выше участков (блоков) [2]. Для анализа особенностей динамического поведения кинков мы рассчитали энергетический профиль гена, показали, что область CDS отвечает энергетическому барьеру, построили траектории движения кинков с различными начальными скоростями и с учетом эффектов диссипации, получили временные зависимости полной энергии кинков в гене, кодирующем интерферон альфа 17.
Литература 1. Yakushevich L.V., Krasnobaeva L.A. A new approach to studies of non-linear dynamics of kinks activated in inhomogeneous polynucleotide chains // International Journal of Nonlinear Mechanics Vol. 43, No. 10, 2008. Pp. 1074-1081. 2. Grinevich A.A., Ryasik A.A., Yakushevich L.V. Trajectories of DNA bubbles // Chaos, Solitons & Fractals Vol. 75, No. 1, 2015. Pp. 62-75.
|
