|
Архив публикацийТезисыXXI-ая конференцияЧисленное моделирование процесса упаковки белковУральский федеральный университет имени первого Президента России Б.Н.Ельцина, Российская федерация, 620002, Екатеринбург, ул. Мира 21, 8(343)375-94-97, infinityziff@gmail.com; 8(343)375-93-49, melkikh2008@rambler.ru 1 стр. (принято к публикации)Несмотря на большое число публикаций, проблема упаковки белков – парадокс Левинталя – до сих пор не решена (см., например, [1]). Проблема состоит в том, что упаковка белков должна занимать экспоненциально большое время, однако экспериментальное время составляет доли секунды. В данной работе, для численного моделирования процесса упаковки двухкомпонентных молекул, на платформе Microsoft .NET Framework 3.5 в среде Microsoft Visual C# 2010 Express Edition на языке C# разработана новая программная среда, получившая название «Cubes3D». Среда позволяет визуализировать процесс упаковки в трёхмерном пространстве. Разработана реализованная в «Cubes3D» методика упаковки (прихода к нативной конформации) двухкомпонентной (состоящей из двух различных видов мономеров) трёхмерной системы. В результате проведения, при помощи «Cubes3D» с варьированием входных параметров, более 45 000 экспериментов были определены: - оптимальные (в смысле наискорейшего достижения конечных нативных конформаций), значения вероятностей взаимодействия мономеров (связанные с энергиями их взаимодействия), и вероятности прихода к конечным нативным конформациям при этих оптимальных значениях вероятностей; - средние времена прихода рассмотренных начальных конфигураций к набору конечных нативных конформаций. Одним из важных результатов моделирования является то, что даже оптимальный набор параметров взаимодействия между мономерами не позволяет достичь нативной конфигурации с вероятностью, превышающей 10%. Полученный результат означает, что парадокс Левинталя остается нерешенным. |