|
Архив публикацийТезисыXXI-ая конференцияМолекулярный докинг лигандов аденозинового рецептора A2AМГУ имени М.В.Ломоносова, биологический факультет, кафедра биоинженерии, Россия, 119899, г. Москва, Воробьевы горы, д.1, стр. 12. Тел./факс: (495) 939-57-38 E-mail: alenkavolynceva@gmail.com 1 стр. (принято к публикации)Рецептор аденозина A2A, относящийся к семейству рецепторов, сопряженных с G-белком (GPCR), представляет особый интерес как мишень для лекарственных препаратов при лечении болезни Паркинсона и Альцгеймера, глаукомы, воспалительных заболеваний. При рациональном дизайне лекарственных соединений чрезвычайно важной оказывается информация о пространственной структуре комплексов прототипов лекарств с белком-мишенью. Так, знание структуры комплекса может быть использовано для оценки константы связывания потенциального лекарственного средства. На основе анализа литературы нами был сформирован список из 20 лигандов аденозиновых рецепторов, селективных к подтипу А2А, с известными константами связывания, равномерно распределенными в диапазоне от 0,3 до 5000 нМ. Структура рецептора была взята из базы данных PDB (pdb-код 3EML). Структуры лигандов были собраны в молекулярном редакторе Maestro. Молекулярный докинг отобранных лигандов в сайт связывания рецептора выполняли с помощью программы DOCK6. Для повышения точности расположения лиганда в сайте было проведена оптимизация структуры комплекса при фиксировании расстояний между атомами, образующими водородные связи между рецептором и лигандом. Расчет энергии связывания лигандов был выполнен методом термодинамического интегрирования в силовых полях gromos53a6 и charmm27. Показано, что полученные значения энергии связывания и соответствующие им значения константы диссоциации отличаются от литературных данных, причем использование силового поля charmm27 дает более правдоподобные результаты. Работа выполнена с использованием ресурсов суперкомпьютерного комплекса МГУ имени М.В. Ломоносова. Работа выполнена при финансовой поддержке РФФИ и Минобрнауки РФ. |
