|
Архив публикацийТезисыXVII-ая конференцияПрямое компьютерное моделирование взаимодействия ферредоксина и ферредоксин:НАДФ-оксидоредуктазыМосковский государственный университет им. М.В. Ломоносова, Биологический ф-т, каф. Биофизики, Россия, 119992, Москва, Ленинские горы, МГУ, Тел. (495)9390289, e-mail: alex-diakonova@yandex.ru 1 стр. (принято к публикации)Ферредоксин, восстановленный фотосистемой I на свету, служит электронным донором для восстановления НАДФ+ до НАДФН и других реакций углеродного, азотного и серного метаболизма. Реакция восстановления НАДФ+ катализируется ферментом ферредоксин:НАДФ+-оксидоредуктазой (ФНР). Кинетика и механизмы связывания ферредоксина и ФНР активно изучались экспериментально при помощи методов сайт-специфического мутагенеза, лазерного флеш-фотолиза и стоп-флоу. Нами была разработана основанная на методе броуновской динамики модель взаимодействия этих двух белков, учитывающая электростатические взаимодействия и форму молекул. В модели молекулы белков диффундируют в кубическом реакционном объеме под действием случайной броуновской силы. Несмотря на то, что наша модель не учитывает конформационные перестройки белков и электронный транспорт, она позволяет оценить вклад электростатических взаимодействий и константы скорости связывания белков [1,2]. При помощи модели мы исследовали кинетику взаимодействия диких типов и мутантных форм ферредоксина и ФНР при разных значениях ионной силы. Полученные в модели константы скорости второго порядка сравнили с экспериментальными данными и получили качественное соответствие. Моделирование показало, что электростатические взаимодействия играют важную роль во взаимодействии ферредоксина и ФНР и определяют его специфичность. |
