English
!

Доклады

Автоматическая система генерации молекулярно-механических моделей молекул на основе их хеминформатического анализа

Нестеренко А.М., Зленко Д.В.1, Галочкина Т.В.1, Мамонов П.А.3

НИИФХБ имени А.Н. Белозерского МГУ, Россия, 119991, Москва

1Биологический факультет МГУ имени М.В. Ломоносова, Россия, 119234, Москва

2ФГУ ФНЦ НИИСИ РАН, Россия, 117218, Москва

Создание силового поля (топологии) - нетривиальная и достаточно сложно автоматизируемая задача, лежащая в начале любого нетривиального молекулярно-динамического расчета. На сегодняшний день известно несколько примеров автоматизации процедуры создания силового поля для заранее неизвестного низкомолекулярного органического соединения, однако ни один из них пока не удовлетворяет всем нуждам вычислительной химии.

Нами была разработана технология, которая позволяет создавать топологии низкомолекулярных соединений на основе химического "выравнивания" фрагментов соединения по заранее подготовленным таблицам атомных типов. В основе технологии лежит разработанный авторами алгоритм TPPMKTOP, который использует специально приготовленную и постоянно обновляемую базу данных химических фрагментов. Алгоритм ассоциирует химические фрагменты из базы с фрагментами молекулы и решает, какие типы атомов лучше применять в конкретном случае. Сейчас програма настроена на работу с силовым полем OPLS-AA, однако принципиально может быть настроена и на другие поля. В ходе работы над программой мы развили протоколы расширения поля, а также протоколы обновления базы данных фрагментов. Каждый добавленный в базу фрагмент расширяет спектр молекул, топологии которых могут быть созданы. Важным преимуществом нашей схемы является генерация топологий без выполнения квантово-химических расчетов.

© 2004 Дизайн Лицея Информационных технологий №1533