Conference publications

Contents : Authors

• Холина Е.Г., Федоров В.А., Гудимчук Н.Б., Коваленко И.Б. Анализ конформационной подвижности белков FtsA, SepF (2026) 1 pp. (accepted)
• Vasyuchenko E.P., Kholina E.G., Gudimchuk N.B., Kovalenko I.B. Comparative analysis of molecular docking methods for modeling the interaction of the FtsZ protein peptide with the SepF and FtsA proteins (2026) 1 pp. (accepted)
• Volkhin I.A., Fedorov V.A., Gudimchuk N.B., Kovalenko I.B. Mechanical properties and conformational mobility of protein filaments of TubA/B2 and FtsZ in archaea and bacteria: study using molecular dynamics (2026) 1 pp. (accepted)
• Коваленко И.Б. Молекулярное моделирование в биологии и медицине (2025) (accepted)
• Коваленко И.Б., Орехов Ф.С., Боздаганян М.Е., Холина Е.Г., Федоров В.А., Гудимчук Н.Б. Компьютерное моделирование тубулинов микротрубочек (2025) 1 pp. (accepted)
• Холина Е.Г., Коваленко И.Б., Страховская М.Г. Изучение процесса транслокации биоцидов через наружные мембраны грамотрицательных бактерий (2025) 1 pp. (accepted)
• Volkhin I.A., Fedorov V.A., Khruschev S.S., Kovalenko I.B. The investigation of interaction between plastocyanin and photosystem I in pea using molecular modeling (2025) 1 pp. (accepted)
• Вольхин И.А., Федоров В.А., Хрущев С.С., Коваленко И.Б. Моделирование взаимодействия фотосистемы I с пластоцианином и цитохромом c6 методом броуновской динамики (2024) 1 pp. (accepted)
• Шубина А.И., Холина Е.Г., Федоров В.А., Коваленко И.Б. Исследование влияния веществ, регулирующих динамику микротрубочек, на конформационную подвижность протофиламентов тубулина (2024) 1 pp. (accepted)
• Васюченко Е.П., Коваленко И.Б., Холина Е.Г., Федоров В.А., Хрущев С.С., Страховская М.Г. Моделирование Броуновской динамики взаимодействия фотосенсибилизаторов с оболочкой коронавируса SARS-CoV-2 (2024) 1 pp. (accepted)
• Холина Е.Г., Федоров В.А., Хрущев С.С., Коваленко И.Б., Страховская М.Г., Рубин А.Б. Идентификация сайтов связывания катионных фотосенсибилизаторов на вирусной оболочке методом броуновской динамики (2023) 1 pp. (accepted)
• Федоров В.А., Холина Е.Г., Гудимчук Н.Б., Коваленко И.Б. Исследование влияния таксола на конформационную подвижность белка тубулина методами молекулярной динамики (2023) 1 pp. (accepted)
• Федоров В.А., Хрущев С.С., Коваленко И.Б. Роль гидрофобных взаимодействий в процессе формирования комплекса белков пластоцианина и цитохрома с6 с цитохромом f в цианобактериях и зеленых водорослях (2023) 1 pp. (accepted)
• Холина Е.Г., Орехов Ф.С., Коваленко И.Б., Боздаганян М.Е., Страховская М.Г. Изучение взаимодействия катионных антисептиков с шероховатой липополисахаридной мембраной Pseudomonas aeruginosa (2022) 1 pp. (accepted)
• Федоров В.А., Хрущев С.С., Коваленко И.Б., Ризниченко Г.Ю., Рубин А.Б. Изучение механизмов взаимодействия белков пластоцианина и цитохрома с6 с цитохромом f в цианобактериях и зеленых водорослях (2022) 1 pp. (accepted)
• Васюченко Е.П., Федоров В.А., Абатурова А.М., Коваленко И.Б. Исследование конформационных перестроек гема цитохрома с и с1 в процессе образования комплекса методами молекулярного моделирования (2021) 1 pp. (accepted)
• Хрущев С.С., Федоров В.А., Устинин Д.М., Коваленко И.Б., Ризниченко Г.Ю., Рубин А.Б. Модель стромальных и гранальных ламелл хлоропласта с реалистичной геометрией компартментов (2021) 1 pp. (accepted)
• Федоров В.А., Хрущев С.С., Коваленко И.Б., Ризниченко Г.Ю. Молекулярное моделирование образование комплексов белков цитохрома c6 c цитохромом f из цианобактерий Nostoc, Phormidium laminosum и зеленой водоросли Chlamydomonas (2021) 1 pp. (accepted)
• Абатурова А.М., Браже Н.А., Ризниченко Г.Ю., Коваленко И.Б. Роль расстояния между мембранами кристы митохондрии в движении цитохрома С к сайту связывания у III дыхательного комплекса (2021) 1 pp. (accepted)
• Хрущев С.С., Федоров В.А., Коваленко И.Б. Молекулярная модель фотосистемы 1 высших растений (2021) 1 pp. (accepted)
• Лопанская Ю.Н., Холина Е.Г., Федоров В.А., Коваленко И.Б., Гудимчук Н.Б. молекулярно-динамическая модель взаимодействия комплекса NDC80 с микротрубочкой (2020) 1 pp. (accepted)
• Холина Е.Г., Орехов Ф.С., Коваленко И.Б., Боздаганян М.Е., Страховская М.Г. Взаимодействие катионных антисептиков с плазматической бактериальной мембраной (2020) 1 pp. (accepted)
• Коваленко И.Б., Орехов Ф.С., Жмуров А.А., Федоров В.А., Холина Е.Г., Гудимчук Н.Б. Построение молекулярно-динамической модели взаимодействия комплекса Ndc80 с микротрубочкой (2020) 1 pp. (accepted)
• Abaturova A.M., Brazhe N.A., Kovalenko I.B., Riznichenko G.Yu, Rubin A.B. Brownian dynamics Simulation of cytochrome c and III respiratory complex formation (2020) 1 pp. (accepted)
• Федоров В.А., Хрущев С.С., Устинин Д.М., Коваленко И.Б., Ризниченко Г.Ю., Рубин А.Б. Образование электрон-транспортного белок-белкового комплекса пластоцианина и цитохрома f высших растений, зеленой водоросли и цианобактерий (2019) 1 pp. (accepted)
• Лопанская Ю.Н., Холина Е.Г., Федоров В.А., Коваленко И.Б., Гудимчук Н.Б. анализ взаимодействия кинетохорного комплекса NDC80 и микротрубочки методом молекулярно-динамических расчетов (2019) 1 pp. (accepted)
• Васюченко Е.П., Федоров В.А., Абатурова А.М., Устинин Д.М., Коваленко И.Б. Молекулярное моделирование цитохромного bc1 комплекса с цитохромом с (2019) 1 pp. (accepted)
• Холина Е.Г., Орехов Ф.С., Коваленко И.Б., Боздаганян М.Е., Страховская М.Г. Создание крупно-зернистых липополисахаридных мембран P. aeruginosa с различными антигенными цепями (2019) 1 pp. (accepted)
• Абатурова А.М., Коваленко И.Б., Федоров В.А., Рубин А.Б. Brownian dynamics simulation of complex formation of animal and yeast proteins cytochrome c with cytochrome c1 (2019) 1 pp. (accepted)
• Diakonova A.N., Fyodorov V.A., Khruschev S.S., Kovalenko I.B., Riznichenko G.Yu. Modeling of interactions between ferredoxin and ferredoxin-NADP-reductase from different phosynthetic organisms (2019) 1 pp. (accepted)
• Kovalenko I.B., Orekhov P.S., Zhmurov A.A., Fedorov V.A., Kholina E.G., Gudimchuk N.B. A coarse-grained model of tubulin protein based on molecular dynamics trajectories (2019) 1 pp. (accepted)
• Холина Е.Г., Коваленко И.Б., Орехов Ф.С., Боздаганян М.Е., Страховская М.Г. Cоздание крупно-зернистой модели одиночной молекулы липополисахарида P.aeruginosa (2018) 1 pp. (accepted)
• Древаль В.Д., Федоров В.А., Холина Е.Г., Коваленко И.Б., Гудимчук Н.Б. Исследование процессов сборки и разборки микротрубочки комбинированным методом броуновской и молекулярной динамики (2018) 1 pp. (accepted)
• Abaturova A.M., Fedorov V.A., Kovalenko I.B. Significance of local surface electrostatic charges of proteins in Brownian dynamics model of Fd-FNR formation of encounter complexes (2018) 1 pp. (accepted)
• Fedorov V.A., Khruschev S.S., Kovalenko I.B. Electron-transfer protein-protein cytochrome f and plastocyanin complex formation in higer plants and cyanobacteria (2018) 1 pp. (accepted)
• Fedorov V.A., Khruschev S.S., Kovalenko I.B., Riznichenko G.Yu., Rubin A.B. Electron-transfer protein-protein complex formation ferredoxin from Chlamydomonas Reinhardtii with Ferredoxin-NADP+ reductase from Zеa mаys and hydrogenase from Chlamydomonas reinhardtii (2018) 1 pp. (accepted)
• Федоров В.А., Хрущев С.С., Коваленко И.Б. Роль электростатических взаимодействий в формировани электрон-транспортного комплекса белков пластоцианина и цитохрома f цианобактерии P. laminosum (2017) 1 pp. (accepted)
• Гудимчук Н.Б., Орлова М.В., Федоров В.А., Коваленко И.Б. Исследование конформации ГТФ-тубулина и ее роли для полимеризации микротрубочки (2017) 1 pp. (accepted)
• Коваленко И.Б., Хренова М.Г. Современные методы молекулярного моделирования (2017) (accepted)
• Холина Е.Г., Коваленко И.Б., Орехов Ф.С., Боздаганян М.Е., Страховская М.Г. Создание крупно-зернистой модели наружной мембраны клеточной стенки P.aeruginosa (2017) 1 pp. (accepted)
• Холина Е.Г., Нестеренко А.М., Зленко Д.В., Коваленко И.Б. Построение модели внешней мембраны клеточной стенки мутантной формы грам-отрицательной бактерии Salmonella (2016) 1 pp. (accepted)
• Федоров В.А., Хрущев С.С., Коваленко И.Б. Идентификация взаимного расположения пары белков пластоцианина и цитохрома f, соответствующего состоянию функционально активного комплекса (2016) 1 pp. (accepted)
• Galochkina T., Zlenko D., Kovalenko I., Nesterenko A. Model of the bacterial lipopolysaccharide O-antigen conformational dynamics (2016) 1 pp. (accepted)
• Kovalenko I.B., Fedorov V.A., Khruschev S.S. Electrostatic interactions of electron transfer proteins in the process of their diffusional encounter (2016) 1 pp. (accepted)
• Ustinin D.M., Kovalenko I.B., Khrushchev S.S. Simulation of experimental signals in multiparticle model of photosynthetic membrane (2016) 1 pp. (accepted)
• Холина Е.Г., Нестеренко А.М., Зленко Д.В., Коваленко И.Б. Построение модели молекулы октакатионного металлофталоцианина (2015) 1 pp. (accepted)
• Федоров В.А., Хрущев С.С., Коваленко И.Б. Роль конформационных изменений в молекулах белков пластоцианина и цитохрома f в кинетике их связывания (2015) 1 pp. (accepted)
• Федоров В.А., Хрущев С.С., Коваленко И.Б. Объединенный метод броуновской и молекулярной динамики для исследования белок-белковых взаимодействий (2015) 1 pp. (accepted)
• Галочкина Т.В., Нестеренко А.М., Коваленко И.Б., Зленко Д.В. Построение модели молекулы липополисахарида (2014) 1 pp. (accepted)
• Хрущев С.С., Абатурова А.М., Коваленко И.Б., Ризниченко Г.Ю., Рубин А.Б. Критерии анализа белок-белковых взаимодействий в броуновской и молекулярной динамике (2013) 1 pp. (accepted)
• Зленко Д.В., Дьяконова А.Н., Хрущев С.С., Коваленко И.Б., Рубин А.Б. Исследование взаимодействия ферредоксина и ФНР методом молекулярной динамики (2013) 1 pp. (accepted)
• Мамонов П.А., Коваленко И.Б., Хрущев С.С., Рубин А.Б. Усовершенствованный подход к описанию электронного транспорта при прямом многочастичном моделировании фотосинтетических мембран (2013) 1 pp. (accepted)
• Diakonova A.N., Khruschev S.S., Kovalenko I.B., Riznichenko G.Yu., Rubin A.B. Modeling of the rate of interaction of ferredoxin with FNR and hydrogenase dependence on pH and ionic strength (2013) 1 pp. (accepted)
• Ustinin D.M., Kovalenko I.B., Khrushchev S.S. Parallel algorithms for multiparticle brownian dynamics (2013) 1 pp. (accepted)
• Коваленко И.Б., Князева О.С., Ризниченко Г.Ю., Рубин А.Б. Компьютерное моделирование взаимодействия белков в фотосинтетической мембране (2012) 1 pp. (accepted)
• Абатурова А.М., Хрущёв С.С., Коваленко И.Б., Ризниченко Г.Ю., Рубин А.Б. Изучение влияния конформации белков на скорость их связывания с помощью метода броуновской динамики (2012) 1 pp. (accepted)
• Хрущёв С.С., Абатурова А.М., Устинин Д.М., Громов П.А., Коваленко И.Б., Грачёв Е.А., Ризниченко Г.Ю. Програмное обеспечение ProKSim для моделирования взаимодействия белков с помощью метода многочастичной броуновской динамики (2012) 1 pp.
• Diakonova A.N., Kovalenko I.B., Riznichenko G.Yu. Multiparticle modeling of proteins ferredoxin and hydrogenase (2012) 1 pp. (accepted)
• Abaturova A.M., Alekseenko A.E., Barsegov V.A., Zhmurov A.A., Knyazeva O.S., Kovalenko I.B., Morozov I.I., Riznichenko G.Yu., Rubin A.B., Trifonov S.V., Ustinin D.M., Kholodov Ya.A., Khruschev S.S. Modular software framework for multiscale biomolecular modeling (2011) 1 pp. (accepted)
• Князева О.С., Коваленко И.Б., Грачев Е.А., Ризниченко Г.Ю. Моделирование диффузии пластоцианина и его взаимодействий с фотосинтетической мембраной и трансмембранными белковыми комплексами (2010) 1 pp. (accepted)
• Абатурова А.М., Громов П.А., Коваленко И.Б., Ризниченко Г.Ю., Рубин А.Б. Моделирование взаимодействия комплекса фотосистемы 1 с белками пластоцианином и флаводоксином (2010) 1 pp. (accepted)
• Diakonova A.N., Kovalenko I.B., Abaturova A.M., Riznichenko G.Yu. Direct Computer Simulation of Ferredoxin and Ferredoxin:NADP-redustase Interaction (2010) 1 pp. (accepted)
• Diakonova A.N., Kovalenko I.B., Abaturova A.M., Riznichenko G.Yu. Computer Simulation of Ferredoxin and Ferredoxin-NADP+ reductase Complex Formation (2009) 1 pp. (accepted)
• Knyazeva O. S., Kovalenko I. B., Abaturova A. M., Riznichenko G. Yu., Grachev E. A., Rubin A. B. Simulation of Electrostatic Interactions of Plastocyanin with Thylakoid Membrane and Transmembrane Protein Complexes (2009) 9 pp. (accepted)
• Lukashenko A.T., Knyazeva O.S., Kovalenko I.B, Abaturova A.M., Grachev E.A. Modeling of hydrophobic interaction in biological systems (2009) 1 pp. (accepted)
• Абатурова А.М., Громов П.А., Коваленко И.Б., Ризниченко Г.Ю., Грачев Е.А. Прямое компьютерное моделирование влияния pH среды и редокс-состояния пластоцианина и цитохрома f на константу их связывания (2008) 1 pp.
• Abaturova A. M., Kovalenko I. B., Riznichenko G. Yu., Rubin A. B. Direct Multiparticle Computer Simulation of Ionic Strength Dependence of the Assosiation Rate Constant for Flavodoxin and Photosystem I (2008) 8 pp. (accepted)
• Diakonova A. N., Kovalenko I. B., Abaturova A. M., Riznichenko G. Yu. Direct Computer Simulation of Ferredoxin and Ferredoxin:NADP⁺-reductase Complex Formation (2008) 6 pp. (accepted)
• Diakonova A.N., Abaturova A.M., Kovalenko I.B., Riznichenko G.Yu., Gromov P.A., Grachev E.A. Role of protein charges in the interaction between ferredoxin and ferredoxin-NADP+ reductase. (2008) 1 pp.
• Абатурова А.М., Коваленко И.Б., Ризниченко Г.Ю., Громов П.А., Грачев Е.А. Interaction of plastocyanin and cytochrome f molecules in the thylakoid lumen - direct computer simulation (2007) 1 pp.
• Abaturova A.M., Kovalenko I.B., Riznichenko, G.Yu., Gromov P.A., Grachev E.A. Brownian dynamics simulation of interaction of many plastocyanin and cytochrome f molecules (2006) 1 pp.
• Kovalenko I. B., Abaturova A. M., Gromov P. A., Grachev E. A., Riznichenko G. Yu., Rubin A. B. Simulation of plastocyanin and cytochrome f proteins interaction in solution at various ionic strength and pH (2006) 10 pp.
• Kovalenko I. B., Abaturova A. M., Gromov P. A., Ustinin D. M., Grachev E. A., Riznichenko G. Yu., Rubin A. B. Direct simulation of interaction of the proteins plastocyanin and cytochrome f (2005) 12 pp.
• Kovalenko I.B., Abaturova A.M., Jalal Kamali M., Ustinin D.M., Riznichenko G.Yu., Grachev E.A., Rubin A.B. Direct simulation of interaction processes of plastocyanin with Photosystem I in a photosyntheic membrane (2004) 12 pp.
• Kovalenko I.B., Riznichenko G.Yu. Modeling of cyclic electron transport around photosystem 1 (2003) 12 pp.
• Kovalenko I.B., Ustinin D.M., Grachev N.E., Grachev E.A., Riznichenko G.Yu. Direct modeling of cyclic electron transport around photosystem 1 (2003) 10 pp.

Search